汽车抵押借款3万，到账时扣了900利息和800停车费

这种提前扣除利息和停车费的行为可能不合法。根据《最高人民法院关于审理民间借贷案件适用法律若干问题的规定》，预先在本金中扣除利息的，人民法院应当将实际出借的金额认定为本金。同时，若借贷双方约定的利率超过年利率36%，超过部分的利息约定无效。因此，若扣除的900元利息和800元停车费导致实际年利率超过36%，则该部分费用可能无效，可要求返还。
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若认为费用不合理，首先可尝试与借款方协商退款；协商不成时，可收集相关证据（如借款协议、转账记录等），向当地公安部门报案，或向法院提起诉讼，要求确认超出法定利率部分的利息及不合理费用无效，并返还已支付的部分。
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从法律角度看，保护自己权益的方法包括：1.确保借款协议明确、合法，避免签订模糊不清的合同；2.保留所有与借款相关的证据，如转账记录、收据、协议等；3.遭遇不合法收费时，及时报警或寻求法律援助；4.了解并遵守相关法律法规，如《最高人民法院关于审理民间借贷案件适用法律若干问题的规定》等。